Si entendí bien, lo que tu quieres hacer es poner un disco nuevo, instarle Windows 7 y que el otro no bootee más ¿no?.
Pues si eso quieres hacer tendrías 2 opciones:
1) Instalar Windows 7 en el disco nuevo dejando el otro desenchufado, así la instalación de Windows 7 no te detectara otro SO y por ende no te instalara el arranque dual. Y de ahí, después conectar el otro disco pero poner en la BIOS que bootee 1ero con el nuevo y no con el viejo.
2) Borrar o editar el MBR: esto es un poco más complicado y si instalas Windows 7 con el otro disco conectado, tendrías que editar el MBR de ambos discos,
sacando el arranque dual de Windows 7 y eliminando el MBR del disco viejo.
Para borrar el MBR tienes que usar el disco de instalación de algún Windows (da lo mismo cual sea) y en la consola (de recuperación del 2000 en adelante) escribir:
Cita: X:\ fdisk /mbr
(donde X: es la unidad de disco que quieres modificar)
Salu1+1