Mírate la función imagecopy (
http://php.net/manual/en/function.imagecopy.php) también hay variantes como imagecopyresized, imagecopyresampled; será la función que habrás utilizado para redimensionar, pero con los parametros $dst_x, $dst_y puedes decir las coordenadas donde vas a colocar la imagen a superponer.
Sin ver el código no puedo decirte mucho más...