Hola.
Lo puedes hacer utiizando la función imap_setflag_full y imap_clearflag_full
Código PHP:
<?php
imap_setflag_full($mbox, trim($nro_mensaje), '\\Seen');
imap_setflag_full($mbox, trim($nro_mensaje), "\\Seen");
imap_clearflag_full($mbox, trim($nro_mensaje), '\\Recent');
imap_clearflag_full($mbox, trim($nro_mensaje), "\\Recent");
imap_clearflag_full($mbox, trim($nro_mensaje), '\\Unseen');
imap_clearflag_full($mbox, trim($nro_mensaje), "\\Unseen");
?>
Donde mbox es la conexión que has abierto con imap_open ( $mbox=imap_open($imap_host,$mail_user,$mail_pass);
) y $nro_mensaje el numero del mensaje dentro del box
Saludos.