Si lo haces por "consula" en la shell de mysql> no tendras problemas y lo ejecutaras rápido .. (con el comando LOAD .. ahí será mejor que uses
www.mysql.com y su manual respectivo ..)
Si lo haces via algun script.php .. por ejemplo phpMyadmin .. es probable que el tiempo de ejecución (time-out) sea sobrepasado y en consecuencia no termine el proceso .. Hay formas de arregarlo por ejemplo usando: set_time_limit(0) al principio de tu script q haga dicho proceso .. Eso le indca a PHP q ese script lo debe ejecutar "tarde lo q tarde".
Un saludo,