Por qué no pones el link del sitio (si lo tienes online) o en su defecto, el pedazo de código ahí y los CSS que usaste, para ver por dónde anda el asunto.
Muchas veces, dependiendo de las propiedades de las capas vecinas, es necesario colocar algún div vacío después de algunos elementos, para que quiebre el orden y separe las capas. Algunos browsers lo ocupan....
Algo así como
donde
Saludos