Hola,
Si file.php pones como src de <script>, file.php tiene que generar codigo javascript valido como el que pondrias en un HTML entre <script></script>. Es decir, no puedes poner etiquetas HTML directamente. Podrias probar a poner en file.php:
Código PHP:
<?php
echo 'document.write("<script src=\'js.js\'></script>")';
?>
No se si hara lo que quieres. Otra opcion seria preguntar en javascript como incluir otro fichero javascript desde dentro de codigo javascript. Quizas existe una funcion include. Quien sabe.
Espero haber sido de ayuda.