Hola, César.
Quizás se deba a que el códec que utiliza el programa (sea XVid o Divx) esté mal configurado y esté editado para que convierta con rotación.
Te recomiendo chequees que códecs utiliza este programa y bajes la última versión del códec que se precise.
Saludos.
EDIT: Encontré este tutorial con VirtualDub para rotar video.
Espero te sirva:
Click acá.-