Descargué la fuente gratis—Monoglyceride—y la cargué en mi Mac. Puse la tipográfia en un documento que tenía hecho en InDesign y me apareció lo mismo que ti. Efectivamente, muestra una advertencia que no va a poder incrustar la fuente en el PDF. Hice lo siguiente que hiciste, convertí los textos en Outlines y mandé nuevamente el PDF.
Esta vez salió perfecto, sin que me haya modificado el "Stroke" del texto. No se si ese problema te sucede solo con Monoglyceride o con la otra fuente. Como sea a mi me salio bien.
Saludos,
Sergio