Hola,
Dejame adivinar, las variables contienen cadenas de texto, ¿verdad?. Pues en javascript (como en PHP) para asignar una cadena a una variable hay que usar comillas:
variable='texto';
Y yo en tu codigo no veo que uses las comillas para el texto. Por lo que javascript piensa que son variables javascript. Y como no estan definidas ...
Y este seria el codigo correcto (yo prefiero acabar las lineas javascript con ;):
Código PHP:
for($i=0;$i<$nfilas2;$i++){
$fila2=mysql_fetch_array($res2);
echo"<script>matriz[".$i."][1]='".$fila2[nombre]."';\n";
echo" matriz[".$i."][2]='".$fila2[nombrepas]."';\n";
echo" matriz[".$i."][3]='".$fila2[poa]."';\n</script>";
}
Saludos.