Tenés que también migrar el Schema del directorio de 2003 a 2008. Lo mejor va a ser que te consigas otro equipo para:
- Instalar de forma temporal un Windows Server 2003,
- Hagas controlador de dominio a esta instalacion temporal.
- Traspases los roles al temporal, y quites el original del dominio (importantisimo)
- Preparar el Schema con adprep.
En este punto ya tienes el dominio corriendo en el servidor temporal, por lo que podés
- instalar en el servidor original una nueva copia de Windows Server 2008.
- Lo pegas al dominio, y lo haces controlador del mismo.
- Quitas el servidor temporal del domino.
Ya puedes apagarlo y tienes tu server 2008 andando.