Saludos
Si el dinero no es problema en el servidor de bases de datos yo pondría 4 discos en RAID 10 en lugar de 2 en RAID 1 y no hay algo como demasiada RAM para un servidor, en bases de datos lo ideal sería que todo el set de datos quepa en la ram y deje espacio para el SO.
En cuanto al servidor web, yo sugeriría más de un servidor balanceado de menores prestación y/o reemplazar Apache, mi servidor favorito es Litespeed, esto no solo te dará más potencia sino tolerancia a fallos. Probablemente requiera más inversión al tener que configurar dos servidores web + un balanceador pero será muy fácil ampliar el cluster y el uptime ayudará, otro enfoque es contratar dos servidores de iguales prestaciones y virtualizarlos, de esta manera podrías obtener redundancia a todo nivel incluyendo la base de datos, apuesto a que la falla actual de MySQL no es CPU sino discos
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