No es posible compactar los archivos .js de JavaScript (no de Java) o .css así como lo planteas y pretender que se pueda integrar en un proyecto web. Existen otras técnicas para optimizar. Existen compactadores de código JavaScript, es esta página te pueden dar orientación al respecto:
http://www.bitacoradewebmaster.com/2...de-javascript/
También puedes unificar en un solo archivo todos tus .js y .css. Espero que te haya servido de algo mi respuesta. Suerte!