Tanto JACK como PulseAudio se basan (o pueden basarse) en ALSA para "hablar" con el hardware, así que ambos deberían funcionar bien. JACK puede basarse en algunos otros sistemas como CoreAudio u OSS. Definitivamente si funciona en PulseAudio debería funcionar con JACK.
En el sitio de JACK recomiendan
QJackCtl para controlar el servidor JACK, quizás pueda darte alguna pista.
Saludos.