Bueno, puedes tener una carpeta, y luego con un vbscript o fichero .bat (imagino que estarás en windows) subir los ficheros al servidor. Tendrás que llamar al FTP de línea de comandos de windows:
http://www.nsftools.com/tips/MSFTP.htm
Edito: como dicen por ahi, filezilla es dios!