La verdad en cuestiones de diferencia no te sabria decir pero la verdad es que mysql 4 al parecer soporta tablas mas grandes que las de mysql 3.x.x , entre algunas cosas quiza hayan optimizado su funcionamiento y colocado algunas funciones nuevas es cuestion de ver los logs de cambios de la mysql 4 con respecto a la 3.x.x, la verdad no tiene porque haber tanta diferencia , quiza phpBB tiene alguna otra clase porque con 4 quiza hacen consultas mas rapidas que lo benefician o cosas por el estilo.
Yo voy aver si esta semana me animo a instalar mysql 4 en mi debian box y quiza luego les cuento
Saludos