pues el orden no afecta, amenos que tengas selectores repetidos... cogera el ultimo que tengas en tu CSS,
<div="menu">
sera id? sera class? o la vieja del otro dia?... jeje
lo normal es ir aplicando como vayas avanzando... de arriba hacia abajo, pero igual puedes ser mas ordenado y poner por ejemplo
/*-cabecera-*/
#cabecera{}
#menu{}
/*-cuerpo-*/
/*-contenido-*/
/*-columna izquierda-*/
etc......
chao y suerte
PD: es mejor utilizar minusculas tanto en XHTML y en el CSS
y este <div id="container"><div> vacio, seria mejor que envualva todo el html no? jeje