Tatur como andas?
Los porcentajes son solo de CSS, no pueden usarse por ejemplo en imagenes... El html solo maneja pixeles, por eso no se especifica "px" como en CSS.
1)El % se puede usar para cualquier cosa, tamaños de tipogradias, anchos, altos, margenes, paddings, indents...
2)No, salvo que uses CSS sobre la imagen
Código HTML:
<img style="width:100%" ... />
3)siempre van a estar bien si los usas en css, solo asegurate de que te sirva y tengas la necesidad...
Saludos!