mira te explico, el problema tuyo es que no entiendes que el html utiliza
contenedores
utilizas muchos "sectores" o como los llames, para hacer simples cosas, el body deberia ser asi
Código PHP:
<div id="arriba"><div id="buscador"><----html buscador----></div></div>
<div id="menu">
<ul>
<li>link</li>
<li>link</li>
<li>link</li>
<li>link</li>
</ul>
</div>
<div id="contenido"><---- contenido de la pagina ----></div>
y luego con el css logras , por ejemplo la imagen de logo usando la propiedad background en el div arriba, luego en el div buscador le pones la posicion con margin que debe tener el buscador, luego le agregas a menu un float:left, para que flote a la izquierda, y un ancho pequeño, le agregas efecto hover al li, y al contenido le agregas un float:right.
Saludos, ojala me hubieras entendido