Hola
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Probablemente no tengas un contenedor para tus cajas
Trata de usar siempre un reset, aunque sea uno básico como este
*{margin:0; padding:0; /*y si quieres también position:relative;*/}
Luego crea un contenedor, por ejemplo: <div id="content">(aca dentro todas tus cajas)</div> y aplicale position:relative;
Si lo quieres centrar aplícale margin:0 auto; y si quieres que el centrado funcione también para ie6 aplícale text-align_left; y a su padre (que puede ser body) aplícale text-align:center;
Con esto ya te habrás ordenado bastante, espero te sea útil, un saludo
