Si esta relacionado con la seguridad, no debería darte problemas en consola, pero usando el IDLE si.
Por que yo lo probé con el IDLE y efectivamente me dio problemas, mientras que en consola no tuve ningún problema.
Inclusive en la documentación te lo indica.
Cita:
Iniciado por pydoc Note If you call getpass from within IDLE, the input may be done in the terminal you launched IDLE from rather than the idle window itself.