Ubuntu y otras distribuciones de GNU/Linux normalmente lo reconoce sin problemas, esté configurado en el BIOS como IDE, SATA o AHCI.
Para Windows XP en modo IDE lo reconoce, en modo SATA necesitas especificar qué controladores (drivers) ha de usar (del mismo modo que al instalar una webcam te pide drivers). Esto se hace durante las primeras pantallas de instalación, tal y como indiqué anteriormente:
Cita:
Iniciado por all-ill 
- Con el CD de windows, durante el proceso de inicio de instalación hay un momento en que puedes pulsar la tecla F6 para especificar controladores (drivers) adicionales para dispositivos SCSI o SATA. Si el Windows que intentas instalar es Windows 7 entonces puedes hacerlo copiando los drivers en una memoria USB si, por el contrario, es Windows XP sólo deja cargar drivers desde un disquete, a partir de aquí seguir las indicaciones en pantalla.
En Windows XP sólo permite cargar drivers desde un disquete, si no se dispone de disquetera se pueden integrar los drivers en el CD de Windows (slipstreaming).
En Windows Vista y Windows 7 permite cargar drivers desde dispositivos USB.