Hola TheDark03:
Deberías explicarnos bien cuál es la estructura de directorios que estás usando, al parecer en el código que tu compartes aquí no hay nada extraño excepto que en una parte llamás al archivo:
<param name="movie" value="Banner.swf" />
y en otra parte:
<embed wmode="transparent" src="../Banner.swf"...
Pero supongo que lo estás haciendo bien sólo que te has confundido al pegarlo en el foro.
Sería bueno que nos des más información sobre la estructura de directorios. Además asegúrate que no sea un problema de CSS. Ya que a menudo cuando algo no se visualiza en IE y sí en otros, suele ser problema de CSS.
Saludos