Para empezar, creo que no es una duda ni siquiera de php, por lo que pones codigo solamente de html, en el que usas css y jquery.
En cuanto al orden que muestra, pues se muestran tal y como los tienes puestos en la lista desordenada '<ul><li>....</li></ul>' dentro del 'div jQ-Menu'
Si los recoges de una base de datos, deberias poner el codigo que usas para hacer la sentencia, o sino, simplemente usar la orden 'ORDER' de MySQL (si usas ese motor de bbdd)
Saludos.