Para cambiar esto de las www, tenes que hacer basicamente 2 cosas:
1- Entrar en el centro para webmasters de Google
www.google.com/webmasters en la seccion de configuracion tienes la opcion para indicarle, configurarla y a esperar un tiempo a que se corrija, no e ahce de un dia para el otro.
2- configurar correctamente el archivo .htaccess para que siempre sea www, es decir que cuando se coloca la direccion sin www, se haga automaticamente un redireccionamiento a la direccion con www.
Con esto deberias poder solucionar tu problemilla, Googlea un poco sobre el tema o mira en el foro que hay mucha documentacion sobre esto ;).
pd: Si no sabes de los archivos .htaccess hace un backup antes de modificar cualquier cosa del prestashop! (y si sabes tambien hace el backup, todos somos humanos :P)