ponenos el css porque si tan solo pones en el css imagenes es imposible que fondo2 y contenido aparescan arriba de fondo1 y fondo menu.
asi como vos los muestras colocando unas imagenes en cada div aparece fondo1 y fondo menu por encima, luego debajo fondo2 y luego mas abajo contenido.
aplicando tan solo algo asi:
#fondo1{height:400px;background-image:url(imagen.jpeg);background-repeat:no-repeat;}
#fondoMenu{height:100%;background-image:url(imagen.jpeg);background-repeat:no-repeat;}
#fondo2{height:200px;background-image:url(imagen.jpeg);background-repeat:no-repeat;}
#contenido{height:200px;background-image:url(imagen.jpeg);background-repeat:no-repeat;}
<div id="fondo1">
<div id="fondoMenu"></div>
</div>
<div id="fondo2"></div>
<div id="contenido"></div>