Tienes esas dos opciones .. Lo que te propone koudelin en la forma de uso sería la de tener tus archivos en el directorio que indiques en $ruta_dowload .. que es donde dejastes tus archivos tras subirlos al servidor.
Lo que haces en este caso en tu tabla (mysql) es guardarte solo el nombre del archivo que has subido .. la ruta la "concatenas" con tu nombre de archivo a la hora de hacer la descarga ..
Hay otras formas de hacer la descarga (sobre todo mas segura) usando cabeceras HTTP (en las FAQ's tienes un ejemplo de uso par la parte estricta de la descarga, osese; una vez que tengas tu nombre/ruta del archivo en una variable ...)
Mira algunos ejemplos de código en:
http://www.hotscripts.com/PHP/Script...nload_Systems/
Un saludo,