el min-width y min-height usalo desde el inicio el valor de estos yo los uso en pixeles siendo el ancho mínimo para obtener una presentación aceptable del diseño
de esta manera si el monitor es grande tu sitio sera basado en los porcentajes pero si el monitor es pequeño tomara de base los pixeles que especifiques apareciendo los scrolls
Nota:
últimamente no me preocupo ya por el IE6 pero si interesas en maquetar para este explorador, el min-width y min-height tienen problemas
te dejo estos dos enlaces con la solución (aportes de mikmoro)
http://www.araudi.net/ejemplos/min-width_IE.html http://www.araudi.net/ejemplos/max-height.html