seleccionar los que no coinciden

[gnzsoloyo]

Código MySQL:

SELECT  M.id, M.modulo 
FROM modulos M LEFT JOIN permisos P  ON M.modulo = P.id_interno
WHERE P.id_interno IS NULL
ORDER BY M.modulo
 

En el LEFT JOIN el orden de las tablas altera el producto. Por lo demás, estabas consultando por los campos que saldrían NULL (id_interno pertenece a permisos y no a modulos).