Hola, a ver respecto a la primera pregunta. Si pones toda la web en un único archivo usando divs ocultos, los buscadores te indexarán todo el contenido, pero no podrán distinguir entre varias secciones.
Es decir, desde un punto de vista de posicionamiento, si es mejor que cada sección tenga una url específica, para lo que debes usar varias páginas. Por cierto, te recomiendo poner títulos distintos a cada sección, por ejemplo:
http://www.rudhayoga.com/actividades/ninos.html Title: Rudha Yoga, Yoga para niños
http://www.rudhayoga.com/actividades/empresas.html Title: Rudha Yoga, Yoga para empresas
Eso mejorará también la indexación por parte de los buscadores.
Respecto a lo de la recarga, no te preocupes, porque los navegadores guardan en caché las imágenes, con lo que solo se cargan la primera vez, así que no estarán cargando cada vez los 80kb de la cabecera.