Usa solo la función shuffle ()
shuffle ($urls); // desordenamos el array
Eso ya desordena los indices del array .. luego lees ese array con un bucle tipo foreach() y ya lo tienes ...
Código PHP:
<?php
$urls[] = "http://www.url-001.com";
$urls[] = "http://www.url-002.com";
$urls[] = "http://www.url-003.com";
$urls[] = "http://www.url-004.com";
$urls[] = "http://www.url-005.com";
$urls[] = "http://www.url-006.com";
$urls[] = "http://www.url-007.com";
shuffle ($urls); // desordenamos el array
foreach($urls as $url){
echo $url."<br>";
}
?>
Un saludo,