No pones suficiente codigo para poder identificar tu problema , pero asi viendolo por "encima" considero que tu problema tiene que ver con las propiedades css heredadas , es decir cuando usas los % , estos se "basan" en las medidas de los contenedores padres:
Contenedor 1:(margin|pading)-left:100px;
Contenedor 2: 50% (es decir 50px)
si olvidas cerrar algunos de los <div> seguirá basándose en las medidas del contenedor padre formando asi el que llamas "efecto escalera"