Si NO estas conectando a un servidor via FTP usa:
chmod()
http://www.php.net/manual/en/function.chmod.php
Si estas conectando y usando las funciones FTP para acceder a un servidor FTP:
http://www.php.net/manual/en/ref.ftp.php
Pero creo q este no es tu caso .. pues confundes lo que es crear directorios via PHP en el sistema de archivos del servidor con lo que es acceder a un servidor FTP (aunque sea de tu mismo sitio que apunta al mismo sitio (ruta) donde trabajan tus scripts php)
Un saludo,