¿En qué navegador y resolución en vertical de monitor lo está viendo?
Porque testado en ff, chrome, opera, safari, ie9 beta, ie8-ie6 (emulados) yo lo veo así:
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header de anchura 100%, pie siempre abajo y de anchura 100% y el cuerpo central ocupando toda la vertical que queda libre entre el header y el pie, con independencia de que su contenido sea poco o nada.
En caso de que su pantalla en vertical (o el contenido sea mínimo) sólo tiene que aumentar el valor absoluto del padding-bottom y el margin-bottom de #contenido, que ahora tiene unos valores de 500px/-500px. Cambie a 1000/-1000 px (o más) si su monitor es de gran altura.
Y el ejemplo que menciona, 3columnas.html, no está pensado para mantener el pie abajo en ausencia de poco o ningún contenido. Sólo es para hacer los divs de igual altura.
Hay otras realizaciones de "pie abajo" diferentes, pero cambiaría algo la estructura, pues usted marca dos colores para el fondo de la parte central, y el header y footer al 100% de anchura