Hola,
El 'internal error' te lo dara porque tendras PHP instalado como CGI. Y para usar autentificacion por cabeceras HTTP es necesario que PHP este instalado como modulo de Apache.
Existe otro tipo de autentiçficacion el 'cookie'.
Puedes consultar las FAQs de phpmyadmin en
http://phpmyadmin.net/cvs/phpMyAdmin...ion.html#setup .
Saludos.