puedes usar un applet siempre y cuando te asegures de trasmitir la data por medos seguros, utilizando algoritmos asíncronos para realizarla conexión, realmente ignoro como hacerlo en java, pero puedes investigar en al api a ver que puedes conseguir, suerte
te aseguro que es más riezgoso utilizar un activeX en IE, aunque lo mejor sería desarrollar un ejecutable JAR que lo instales en los equipos de las lectoras, no veo necesidad de que la interfaz tenga que ser web