Imerli:
Le sugiero que le ponga un borde de 1px a sus tres cajas principales para que comprenda el porqué.
Y como esto es una cuestión básica (la creación de un layout de 3 columnas) sobre la que existe mucha información y ejemplos al respecto, mejor un poco de investigación y comparación.
Aquí puede obtener unas cuantas estructuras:
http://bit.ly/9LkVrY
2ª cuestión, el input y el campo de búsqueda en línea:
Dele un tamaño al form y a los dos input flótelos (además del resto de propiedades: valores)