Pensé que estabas por empezar, pero si ya estas con el, te dejo un
link(en la segunda parte esta el SVN) que te puede servir de referencia
de como a mi entender deberia hacerse una aplicación con Zend, tiene DI en la capa de Servicios y DataMapper(basico) para los modelos,
actualmente utilizo algo parecido pero con Doctrine 2 para los modelos.
Salu2 y espero que te sea util.