Hace utf8_encode a todo lo que envies con Cell o MultiCell y setea los header de la pagina que genera el PDF a utf8..
Código:
$pdf->Cell($w[$i],7,utf8_encode($header[$i]),1,0,'C',1);
Espero sea eso es lo mas seguro salute!!!
Ah otra forma es que en la clase tu sobrescribas el metodo Cell...entra en el codigo del FPDF copia lo que hace en la funcion Cell y ahora definela en la clase tuya que extiende FPDF y ahi dentro pegas lo que copiaste pero metiendo ya el utf8_encode...
De esta ultima forma no deberas cambiar cada Cell...
Salut!!!