Lo que yo haría en tu caso para ahorrarse dolores de cabeza buscando el problema es lo siguiente:
- Instalar el componente Akeeba en tu sitio antiguo.
- Realizar un respaldo completo con él.
- Descargar el respaldo por FTP idealmente.
- Extraer el respaldo con Akeeba Extract.
- Comprimir el respaldo en un archivo .zip
- Subirla al nuevo servidor.
- Realizar la instalación de Akeeba automática.
- Listo :D
Muchos Saludos
