En realidad,
$array[2][4][1] es otra forma de escribir
$array[2]->[4]->[1], es decir, se trata del segundo elemento de un array referenciado por el quinto elemento de un array referenciado por el tercer elemento del array @array.
Para los que sepan C, se habrán dado cuenta de que es exactamente igual a como se crean estructuras de más de una dimensión, en ese lenguaje.
Lo bueno, en Perl, es que además podemos mezclar array con hash, y pueden crearse estructuras más complicadas, pero también más manejables (si se tiene cuidado, claro):
$colegio{'alumnos'}[3]{'nombre'} = 'juanito';
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perlreftut