Por lo que expone, se deduce que tanto la regla @font-face como los archivos de fuentes, las declaraciones y todo lo relativo están bien construidos.
El problema creo que es de rutas.
Antes sí aplicaba y tras la reorganización no.
Supongo que sabe que para las rutas incluidas en el archivo css toman como origen al propio archivo css, no a la página html.
Si sólo cambió la ubicación de los archivos html (y no los css) sólo debería tener que cambiar la ruta de llamada a los archivos css.
Declara su ruta al archivo de la fuente así:
Cita: url('../fuentes/estilo.ttf')
Con lo que debería tener su estructura de carpetas así:
Cita: --Carpeta css/archivos css
--Carpeta fuentes/archivos fuentes
Si lo tiene en línea, ponga el enlace para verlo in situ.