Primero deberá fijar un tamaño al html y al body para tener una base de cálculo en el % de su contenedor:
   
Código CSS:
Ver original* {
  margin: 0;
  padding: 0;
}
html, body {
  height: 100%;
  width: 100%;
}
  
Y a continuación a la caja que quiere que ocupe todo el alto definirla y preveer que en caso de que aumenten los contenidos más que la altura de la ventana, siga creciendo:   
Código CSS:
Ver original#contenedor {
    height: auto !important;
    min-height: 100%;
    height: 100%;
    background: #fe0;
    position: relative;
}
  
Creo que debería ir hasta en ie6. Verifíquelo y comenta.