Cita:
Iniciado por zerokilled 
que torpe de mi, me falto lo mas importante!
para mover una capa con posicionamiento absoluto tienes que utilizar las propiedades css left y top, o incluso right y bottom dependiendo del efecto que quieras lograr. ademas del valor tienes que indicar la unidad, de lo contrario no te funciona en muchos navegadores.
Código:
element.style.(top|right|bottom|left);
El codigo seria algo como esto? :
var capa=document.getElementbyID('nombre capa');
capa.element.style.top= nuevovalor;
Perdón por mi ignorancia , pero soy bastante novato y no se exactamente como trabajar con "element"