Deberias tener en cuenta que son cosas diferentes, por un lado esta el Doctrine CLI(lo estas utilizando standalone en doctrine.php) y por otro lado esta la integración del Doctrine CLI con Zend_Tool, que es de lo que trata el segundo link, la idea de esta integración es utilizar el Doctrine CLI a través Zend_Tool, la forma correcta de utilizarlo es zf doctrine:...., igualmente el error es el mismo, la ruta hacia symfony no esta bien.
Por cierto esta integración con Doctrine 2 es la mas limpia que he visto, muchas gracias por los links
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Saludos.