Necesito aclarar las ideas...

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El artículo está un poco desfasado y tus preguntas son demasiado específicas. Las dudas que tienes se resolverán cuando hagas el análisis correspondiente.
Lo que intentas hacer se llama Modelo MVC y puedes encontrar la documentación en muchos sitios, además puedes consultar PROFESSIONAL PHP5 de la editorial Wrox donde se desarrolla este tema.
¿Cómo hacer una web MVC correctamente? Haciendo un buen analisis y diseño de tu web, no hay otra respuesta.
Existen ademas sistemas de plantillas que solucionarían el problema de diseño (casi todas las aplicaciones enlatadas los utilizan).
Respecto de la seguridad... bueno, ya se ha dicho más que suficiente, en resumidas cuentas es una forma de hacer las cosas, o programas con seguridad o no.
Son muchas preguntas que en realidad sólo puedes resolver tú, depende tu proyecto, tus conocimientos, el tiempo que tengas para entregarlo, etc, etc.
Si ya tienes el analisis, entonces adelante y conviene que vayas posteando los problemas puntuales que surgan sobre la marcha.
Espero al menos haberte dado una dirección aunque sea vaga, un saludo.