Por un lado, si las columnas de las tabla son INT, los datos devueltos por MySQL son siempre INT. El problema lo puedes tener en PHP, donde la librería esté realizando una conversión implícita sin que lo sepas.
Pregunta en el
Foro de PHP. Ellos pueden tener mejro idea que nosotros (phpMyAdmin es una interfase PHP, no es parte de MySQL).