ayuda sobre asignar orden de productos

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Si lo que quieres es ordenar los productos, entonces el campo va en la tabla de productos.
Lo que comentas sobre la paginación y demás no es un tema de base de datos sino de programación, en principio no tiene que afectarte. Intenta solucionar el diseño de tablas primera.
Tal y como lo planteas, te debería bastar un campo "orden" en la tabla de productos, luego haces order by orden.
Espero que te sirva, saludos