Por si a alguien le interesa:
Después de preguntar y no recibir ayuda he indagado, y he conseguido lo que buscava, que era poder transformar la caja segun el tamaño del documento.
Poniendo el clickhoriz (href,width,height) así me lee los tamaños predeterminados para multiplicarlos por los mimos que el iframe
Código HTML:
<script>
function clickhoriz(shref,iwidth,iheight){
//size=getWidthHeight(this.id);
if($(window).width()>1080){
$(".anim").colorbox({href:shref,innerWidth:(iwidth*2)+"px", innerHeight:(iheight*2)+"px", iframe:true});
}
if($(window).width()<=1080 && $(window).width()>800){
$(".anim").colorbox({href:shref,innerWidth:(iwidth*1.5)+"px", innerHeight:(iheight*1.5)+"px", iframe:true});
}
if($(window).width()<=800){
$(".anim").colorbox({href:shref,innerWidth:(iwidth)+"px", innerHeight:(iheight)+"px", iframe:true});
}
}
</script>
</head>
<body>
<p><a href="#" class='anim' onclick="clickhoriz('gulfs.html',687,475);">Outside Webpage (Iframe)- GULFS</a></p>