si mal no estoy, entiendo que tienes algo asi, por ejemplo:
INICIA DIV <DIV> en HEADER
---CONTENIDO
CIERRAS DIV </DIV> en FOOTER
________________________________
pero, y que es lo que haces con este div???
Una solucion es que Puedes poner dos divs.
<div></div> en el HEADER
<div></div> en el FOOTER
y conseguir el mismo resultado dandole los estilos apropiados con CSS.
Aunque no se exactamente que... Ya que no has querido poner tu link ¬¬