Ya que estas trabajando con una Base de datos .. Msyql, tiene tipo de datos de FECHA .. como DATE, DATETIME y otros ...
A su vez .. ese formato se lo guarda Msyql en formato de fecha ODBC standard (aaaa-mm-dd) .. Pero es no es problema a la hora de visualizar esos datos .. Puedes usar DATE_FORMAT() para darle el formato que tu quieras ...
Así mismo .. si ingresas fechas de forma "manual" por algún formulario debes de formar esa fecha en dicho formato a la hora de hacer tus INSERT o UPDATE de ese campo (En las FAQ's creo q hay un ejemplo del amigo Cain ..)
Si usas campos de tu BD tipo DATE (o afines) te será mas facil a posteriori hacer operaciones matemáticas de fechas con esos datos directamente desde una sentencia SQL usando las numerosas funciones que hay de tratamiento de fechas de Msyql.
más info:
http://www.mysql.com/doc/en/Column_types.html http://www.mysql.com/doc/en/Date_and...functions.html
Un saludo,